Добрый день!
Не могу найти настройки для того чтобы, операции, которые есть в сравниваемом или базовом проекте, но отсутствуют в текущем, отображались в отдельной фазе.
В справке пишется что в настройка гантта, на сайте на странице "Что нового" - в опции в диалоге настройки сравнения.